Klårtjønnhaugen naturreservat ligger i Overhalla kommune i Trøndelag og omfatter en kalksjø og tilgrensende kalkskogsområder. Området er kjent for sin rike flora, som inkluderer arter som marisko, rødflangre, korsved, trollbær og liljekonvall. Kalksjøen Klårtjønna er dyp med klart blått vann og antas å inneholde sjeldne arter som trives i kalkrike miljøer.
Klårtjønnhaugen er et spesielt viktig område for biologisk mangfold på grunn av sin kalkskog og de tilhørende spesielle naturtypene og økosystemene. Skogen i området er eldre og flersjiktet, men noe ustabil på grunn av rasutsatt terreng. Området har også betydelig verdi for bevaring av det samiske naturgrunnlaget.
Verneformålet med naturreservatet er å beskytte disse unike naturverdiene, inkludert kalkvegetasjonen og de sjeldne artene som finnes der. Det er forbudt å skade vegetasjonen, dyrelivet eller foreta endringer som kan påvirke naturmiljøet negativt. Generelle unntak fra vernebestemmelsene inkluderer aktiviteter som beiting, jakt, fangst og fiske i samsvar med gjeldende lovverk.
Forvaltningen av området innebærer også tiltak for å opprettholde lys og rom for arten marisko, samt behov for kartlegging av kalksjøspesifikke arter. Det er en forvaltningsplan som gir nærmere retningslinjer for hvordan området skal beskyttes og skjøttes. Forvaltningsmyndigheten er Statsforvalteren i Trøndelag, og det er også bestemt at samiske interesser skal ivaretas i forvaltningen.
Verneforskriften for Klårtjønnhaugen naturreservat ble fastsatt 16. desember 2011 med hjemmel i naturmangfoldloven §§ 34, 37 og 62.