Litlholmen biotopvernområde er et naturvernområde beliggende i Levanger kommune, Trøndelag. Området, som dekker et totalareal på ca. 27 dekar, hvorav ca. 3 dekar er landareal, er vernet for å sikre et viktig hekkeområde for sjøfugl. Verneverdiene er knyttet til fugler og pattedyr, og holmen er et sentralt hekkeområde for sjøfugl. Nærliggende sjøareal benyttes som næringskilde under hekking og som oppholdssted for sjøfugl i forbindelse med overvintring, myting, og forberedelser til hekking.
Forskriftene for området, fastsatt ved Kronprinsreg.res. 19. desember 2003, har som formål å beskytte vegetasjon og fugleliv mot skade og ødeleggelse. Det er forbudt å innføre nye plantearter, dyr eller å iverksette tiltak som kan endre de naturgitte produksjonsforholdene. Ferdsel på land er forbudt fra 15. april til 1. juli, og motorisert ferdsel til lands, samt bruk av vannskuter, vannski, paraglider og lignende er forbudt. Det er imidlertid unntak for aktiviteter som militær virksomhet, redningsaksjoner, og vedlikehold av Kystverkets anlegg.
Forvaltningen av området ligger hos Statsforvalteren i Trøndelag, og det er muligheter for å søke om unntak fra vernebestemmelsene for spesifikke tiltak. Forskriften trådte i kraft umiddelbart etter kunngjøring 19. desember 2003.